Single-cell RNA sequencing in periodontal research：Technological development，applications，and future perspectives

doi:10.3877/cma.j.issn.1674-1366.2025.02.001

Abstract

Abstract:

Single-cell RNA sequencing（scRNA-seq）technology，a powerful tool able to analyze gene expression at single-cell resolution，has been widely used in periodontitis research in recent years，greatly advancing the understanding of cellular heterogeneity and mechanisms of pathological progression in periodontal tissues.Herein，we review the development of scRNA-seq technology from early attempts to maturity and diversification，and focus on the present progress of its application in periodontitis research.By constructing a single-cell atlas of periodontal tissues，the researchers revealed cellular heterogeneity and identified key cellular subpopulations and molecular markers associated with disease progression and repair.Cellular heterogeneity analysis and pseudotime analysis further elucidated the functional properties of different cells in periodontitis and the dynamic course of the disease.The cellcell communication analysis resolved the intercellular signaling network，which provided new perspectives for disease diagnosis and treatment.These studies revealled the periodontitis -associated cell subpopulations and the key molecular mechanisms，which provided important clues for precise diagnosis and targeted treatment of the disease.In addition，this review provides an insight into the future direction of scRNAseq in periodontics，including spatial transcriptomics，multiomics integration，the application of big data and artificial intelligence，and the prospects for precision diagnosis and treatment.Although scRNA-seq still faces challenges such as high cost and data complexity，through technical optimization，data integration and interdisciplinary cooperation，this technology is expected to further advance the development of periodontitis research and strongly contribute to precision medicine and health management.

Key words: Single-cell RNA sequencing, Spatial transcriptomics, Multi-omics, Periodontitis, Artificial intelligence

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Figures/Tables 3

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SMART-seq^［6］	2012年	基于链末端捕获的RNA扩增方法，较高的转录覆盖	能捕获全长转录本	通量较低，成本较高	小规模高分辨率转录分析
CEL-Seq^［7］	2013年	基于线性扩增，加入细胞条形码和唯一分子标识符	定量能力强，可同时分析多个细胞，扩增偏倚较低	不能捕获全长转录本，测序深度较高时成本增加	大规模单细胞分析，如组织或器官分析
SMART-seq2^［8］	2014年	对SMART-seq 优化，改进扩增效率	提高了灵敏度、准确性和覆盖率，同时扩增偏差降低	通量仍然较低，适合少量细胞分析	探索异质性强的细胞群体
Drop-seq^［9］	2015年	基于微流控液滴技术，将单细胞包裹在液滴中进行文库制备	高通量，成本较低，适合大规模筛查	灵敏度较低，无法捕获全长转录本	高通量细胞异质性研究，如癌症或免疫细胞群体分析
InDrop^［10］	2015年	将单个细胞与带有条形码的微珠包裹在液滴中，通过反转录生成带有唯一分子标识符的互补DNA	高通量，成本较低；灵敏度较高，提高了定量精确性，减少了扩增偏差；全程高自动化	无法捕获全长转录本；依赖滴液技术，实验室搭建门槛高，数据分析复杂	在预算有限的情况下，大规模单细胞转录组研究的理想选择
10 × GenomicsChromium^［11］	2016年	基于微珠条形码的高通量技术	操作简便；覆盖率较高，灵敏度较好	需要专用设备；无法获得全长转录本	大规模转录组研究，适合组织或复杂细胞群体的异质性分析
Seq-Well^［12］	2017年	基于微孔板的平板高通量RNA测序技术	成本低，实验室易于实现；适用于固定样本	灵敏度和捕获率低于液滴技术	低成本单细胞测序，适合大规模样本的初步筛查
SPLiT-seq^［13］	2018年	基于分裂池策略的单细胞RNA测序技术	无需微流控设备，成本较低；可用于固定样本	测序深度有限，捕获效率较低	资源受限情况下的大规模样本分析
SMART-seq3^［14］	2020年	改进了全长转录本捕获能力和低表达基因的检测灵敏度	灵敏度极高；可实现高质量全长转录本测	成本较高	深入研究特定细胞群体或解析少量细胞中的转录本特性

技术名称	时间	简介	优点	缺点	适用场景
Tang等^［5］	2009年	首个单细胞RNA 测序技术，基于微量反转录和扩增	首次实现单细胞水平转录组测序	敏感性较低，易发生扩增偏差，低通量	初步探索单细胞水平的转录组特性
SMART-seq^［6］	2012年	基于链末端捕获的RNA扩增方法，较高的转录覆盖	能捕获全长转录本	通量较低，成本较高	小规模高分辨率转录分析
CEL-Seq^［7］	2013年	基于线性扩增，加入细胞条形码和唯一分子标识符	定量能力强，可同时分析多个细胞，扩增偏倚较低	不能捕获全长转录本，测序深度较高时成本增加	大规模单细胞分析，如组织或器官分析
SMART-seq2^［8］	2014年	对SMART-seq 优化，改进扩增效率	提高了灵敏度、准确性和覆盖率，同时扩增偏差降低	通量仍然较低，适合少量细胞分析	探索异质性强的细胞群体
Drop-seq^［9］	2015年	基于微流控液滴技术，将单细胞包裹在液滴中进行文库制备	高通量，成本较低，适合大规模筛查	灵敏度较低，无法捕获全长转录本	高通量细胞异质性研究，如癌症或免疫细胞群体分析
InDrop^［10］	2015年	将单个细胞与带有条形码的微珠包裹在液滴中，通过反转录生成带有唯一分子标识符的互补DNA	高通量，成本较低；灵敏度较高，提高了定量精确性，减少了扩增偏差；全程高自动化	无法捕获全长转录本；依赖滴液技术，实验室搭建门槛高，数据分析复杂	在预算有限的情况下，大规模单细胞转录组研究的理想选择
10 × GenomicsChromium^［11］	2016年	基于微珠条形码的高通量技术	操作简便；覆盖率较高，灵敏度较好	需要专用设备；无法获得全长转录本	大规模转录组研究，适合组织或复杂细胞群体的异质性分析
Seq-Well^［12］	2017年	基于微孔板的平板高通量RNA测序技术	成本低，实验室易于实现；适用于固定样本	灵敏度和捕获率低于液滴技术	低成本单细胞测序，适合大规模样本的初步筛查
SPLiT-seq^［13］	2018年	基于分裂池策略的单细胞RNA测序技术	无需微流控设备，成本较低；可用于固定样本	测序深度有限，捕获效率较低	资源受限情况下的大规模样本分析
SMART-seq3^［14］	2020年	改进了全长转录本捕获能力和低表达基因的检测灵敏度	灵敏度极高；可实现高质量全长转录本测	成本较高	深入研究特定细胞群体或解析少量细胞中的转录本特性

技术名称	时间	简介	优点	缺点	适用场景
G&T-seq^［54］	2015年	联合分析单细胞基因组和转录组	研究突变对转录组的影响	数据量大，需深度测序	癌症、遗传疾病等研究
scTrio-seq^［55］	2016年	同时分析单细胞转录组、DNA甲基化和拷贝数变异	可解析基因表达、表观遗传调控和基因组变异的关联	实验流程复杂，数据处理难度大	癌症研究、基因组变异对转录调控的影响
CROP-seq^［56］	2017年	将CRISPR-Cas9 介导的基因编辑与单细胞转录组测序结合	可同时评估基因编辑对细胞转录组的影响	依赖高效的CRISPR工具，适用性受限	功能基因筛选、验证关键基因对细胞状态的影响
CITE-seq^［57］	2017年	将单细胞转录组测序与蛋白质标记（基于抗体和DNA 条形码）结合	同时分析转录组和表面蛋白表达，拓展表型信息	依赖抗体质量，无法检测所有蛋白	免疫细胞研究，解析表型多样性
REAP-seq^［58］	2017年	类似于CITE-seq，结合转录组和表面蛋白测定	提供更多蛋白-转录组关联信息；通量较高	需要开发和验证高质量抗体	免疫学研究、药物靶点筛选
scM&T-seq^［59］	2018年	联合单细胞转录组和DNA甲基化测序	同时获取转录组和DNA甲基化数据，以便研究基因调控	测序深度需求高；实验复杂	胚胎发育、癌症等领域中的基因-表观遗传互作研究
scNMT-seq^［60］	2018年	联合单细胞转录组、DNA 甲基化和组蛋白修饰测序	捕获多层次表观遗传信息和转录组，关联基因调控和表达	实验复杂；数据分析挑战大	研究基因表达与表观遗传状态的全景关系
sci-CAR^［61］	2018年	结合转录组测序和染色质可及性测序，基于细胞索引技术	高通量，单次实验可分析上万个细胞	灵敏度有限，需要优化分辨率	表观遗传与基因表达关联分析，研究发育过程
Paired-seq^［62］	2019年	同时分析单细胞转录组和染色质开放性，基于物理分离和分子索引	数据质量高；能关联染色质状态与转录动态	实验流程较复杂，依赖优化实验条件	单细胞水平上分析基因表达调控机制
DOGMA-seq^［63］	2021年	允许共同测量来自同一细胞的染色质可及性、基因表达、蛋白质和细胞谱系，最后一项是通过线粒体DNA测量的	允许更全面的表型特征；可以从线粒体突变中进行系谱推断	可能会对RNA质量产生负面影响；实验复杂，数据分析挑战大	多层次剖析分化的表观遗传决定因素及其动态，构建全基因组调控模型

技术名称	时间	简介	优点	缺点	适用场景
G&T-seq^［54］	2015年	联合分析单细胞基因组和转录组	研究突变对转录组的影响	数据量大，需深度测序	癌症、遗传疾病等研究
scTrio-seq^［55］	2016年	同时分析单细胞转录组、DNA甲基化和拷贝数变异	可解析基因表达、表观遗传调控和基因组变异的关联	实验流程复杂，数据处理难度大	癌症研究、基因组变异对转录调控的影响
CROP-seq^［56］	2017年	将CRISPR-Cas9 介导的基因编辑与单细胞转录组测序结合	可同时评估基因编辑对细胞转录组的影响	依赖高效的CRISPR工具，适用性受限	功能基因筛选、验证关键基因对细胞状态的影响
CITE-seq^［57］	2017年	将单细胞转录组测序与蛋白质标记（基于抗体和DNA 条形码）结合	同时分析转录组和表面蛋白表达，拓展表型信息	依赖抗体质量，无法检测所有蛋白	免疫细胞研究，解析表型多样性
REAP-seq^［58］	2017年	类似于CITE-seq，结合转录组和表面蛋白测定	提供更多蛋白-转录组关联信息；通量较高	需要开发和验证高质量抗体	免疫学研究、药物靶点筛选
scM&T-seq^［59］	2018年	联合单细胞转录组和DNA甲基化测序	同时获取转录组和DNA甲基化数据，以便研究基因调控	测序深度需求高；实验复杂	胚胎发育、癌症等领域中的基因-表观遗传互作研究
scNMT-seq^［60］	2018年	联合单细胞转录组、DNA 甲基化和组蛋白修饰测序	捕获多层次表观遗传信息和转录组，关联基因调控和表达	实验复杂；数据分析挑战大	研究基因表达与表观遗传状态的全景关系
sci-CAR^［61］	2018年	结合转录组测序和染色质可及性测序，基于细胞索引技术	高通量，单次实验可分析上万个细胞	灵敏度有限，需要优化分辨率	表观遗传与基因表达关联分析，研究发育过程
Paired-seq^［62］	2019年	同时分析单细胞转录组和染色质开放性，基于物理分离和分子索引	数据质量高；能关联染色质状态与转录动态	实验流程较复杂，依赖优化实验条件	单细胞水平上分析基因表达调控机制
DOGMA-seq^［63］	2021年	允许共同测量来自同一细胞的染色质可及性、基因表达、蛋白质和细胞谱系，最后一项是通过线粒体DNA测量的	允许更全面的表型特征；可以从线粒体突变中进行系谱推断	可能会对RNA质量产生负面影响；实验复杂，数据分析挑战大	多层次剖析分化的表观遗传决定因素及其动态，构建全基因组调控模型

方法	时间	简介	优点	缺点	适用场景
totalⅥ^［69］	2021年	使用变分自动编码器整合单细胞转录组和蛋白组数据	处理数据缺失能力强	结果解释性较低；需要较高的计算资源	CITE-seq数据整合分析，单细胞表型解析
GLUE^［70］	2021年	基于图神经网络构建跨组学数据的联合嵌入模型，实现细胞特征的全面整合	适应性强，可整合多模态数据	需要高质量的标注数据；训练过程可能较慢	单细胞多组学分析，细胞类型分类，转录与表观遗传关联分析
BABEL^［71］	2021年	利用对抗性生成网络实现单细胞数据模态的转换，并可以整合额外的单细胞数据模式	可用于模态预测和数据补全，提升跨组学数据整合能力	训练过程需要大量数据；模型稳定性依赖于参数选择	模态转换，单细胞数据补全和多组学预测
BindSC^［72］	2022年	使用深度学习模型，通过稀疏编码解耦多组学数据（如RNA和ATAC）之间的特定和共享特征	提供跨模态的特征匹配能力，有助于分析转录调控机制	模型较为复杂；数据预处理要求高	转录组与染色质状态匹配分析，解析基因调控网络
MultiⅥ^［73］	2023年	基于变分推断的深度学习框架，整合单细胞转录组和ATAC-seq（Assayfor Transposase-Accessible Chromatinwith high throughput sequencing）数据	对数据缺失有鲁棒性；可处理多模态和单模态数据	需要复杂的模型训练；结果解释性较低	单细胞转录组和ATACseq数据整合，多模态细胞表征
scMoGNN^［74］	2022年	使用图神经网络对单细胞多组学数据建模，通过构建图节点表示整合RNA和ATAC数据	提供了高效的多组学整合分析能力，尤其适用于稀疏数据	图模型的参数调优复杂，计算资源需求高	单细胞转录组-ATAC 数据整合，细胞异质性研究
DeepMAPS^［75］	2023年	基于深度学习的框架，通过构建互作矩阵整合转录组和蛋白质组数据	可精确预测基因表达与蛋白水平的关联	数据处理复杂；模型参数选择对结果影响较大	转录-蛋白互作预测，多组学层次的生物网络重构

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